يعتبر قسم الهندسة الميكانيكية من أقدم أقسام الشعبة الهندسية حيث تأسس في سنة 1965 كوحدة تطبيقات ميكانيكية لخدمة المركز في كافة التطبيقات الميكانيكية وخدمة تطوير التكنولوجيا والصناعة وكافة الخدمات المتعلقة بالتخصص ويؤدي نشاطاً كبيراً في أداء البحث والتطوير في كافة مجالات الهندسية الميكانيكية والطاقة والمواد الجديدة وكافة الإسهامات والتطبيقات الميكانيكية في مجالات الطب والأسنان والصناعات الكيماوية والصيدلة وغيرها.